Yalova Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 05.02.2021 tarihli 3518 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile kurulmuştur. Üniversitemizde daha önce Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Fen Bilimleri Enstitüsü olarak ayrı yürütülen lisansüstü eğitim-öğretim faaliyetleri, Enstitümüzün kurulması ile birlikte artık tek çatı altında yürütülmektedir.
İlk kurulduğu dönemde 21 anabilim dalı ve 62 program ile faaliyet gösteren Enstitümüz, 2025-2026 Eğitim-Öğretim Yılı itibarıyla 29 anabilim dalı ve 78 program ile faaliyet göstermektedir.
Rektörlük Binası 1. katında faaliyet gösteren Enstitümüzde, ilgili akademik personel ile öğrencilerimizin savunma, yeterlilik, seminer sınavlarında kullanmaları amacıyla teknolojik donanıma sahip bir adet sunum odası mevcuttur.